Imaging-1.1.5c1 が公開されていました。
PNG 保存時に補助情報 (chunk) を指定できるようになってたので、 パッチ は不要です。

dpi は引数で直接渡し、
その他の補助情報は PngInfo インスタンスに格納して渡すことができます。

from PIL import Image
from PIL.PngImagePlugin import PngInfo

im = Image.new('RGBA',(200, 200),(0,0,0,0))

# 画像描画処理をおこなう

info = PngInfo()
info.add('bKGD', '\000\377\000\377\000\377')
im.save('img-rgba.png', 'PNG', dpi=(72,72), pnginfo=info)

pngcheck で確認してみると

$ pngcheck -v img-rgba.png
File: img-rgba.png (3601 bytes)
  chunk IHDR at offset 0x0000c, length 13
    200 x 200 image, 32-bit RGB+alpha, non-interlaced
  chunk pHYs at offset 0x00025, length 9: 2835x2835 pixels/meter (72 dpi)
  chunk bKGD at offset 0x0003a, length 6: red = 255 green = 255 blue = 255
  chunk IDAT at offset 0x0004c, length 3505
    zlib:  deflated, 32K window, default compression
  chunk IEND at offset 0x00e09, length 0
No errors detected in img-rgba.png (97.7% compression).